Michael Krone
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Universität Stuttgart
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Forschung
SFB 716 "Dynamische Simulation von Systemen mit großen Teilchenzahlen"
Teilprojekt D.4 "Interaktive Visualisierung dynamischer, komplexer Eigenschaften von Protein-Lösungsmittel-Systemen"
In diesem Teilprojekt werden neue Visualisierungsansätze zur interaktiven Exploration von Protein-Lösungsmittel-Systemen erforscht. Besonderes Augenmerk liegt hierbei auf den spezifischen Eigenschaften des Lösungsmittels, da diese mit herkömmlichen heute verfügbaren Werkzeugen nicht adäquat analysiert werden können.
Lehre
Studien- und Diplomarbeiten, Praktika:
offen:
- Visualisierung der Charakteristiken des Lösungsmittels in Molekulardynamik-Simulationen
- Weitere Themen eventuell auf Anfrage!
laufend:
beendet:
- Visualisierung von Polarisationsdomänen in ferroelektrischen Materialien (SS12)
- Molekularvisualisierung und Remote-Steuerung auf mobilen Endgeräten (WS11/SS12)
- Analyse der Oberflächenstruktur von Proteinen (SS11/WS11)
- Interaktive Berechnung und Visualisierung der Sekundärstruktur von Proteinen (SS11/WS11)
- DAAD Research Internships in Science and Engineering (RISE) "Haptic Simulation Steering for Molecular Dynamics Simulations" (SS11)
- Semitransparente Moleküloberflächen mittels Depth Peeling (WS09/SS10)
Lehrveranstaltungen:
- Seminar "Computerspiele" (WS12)
- Übung "Bildsynthese" (SS12)
- Übung "Geometrische Modellierung und Animation" (WS11)
- Hauptseminar "Interaktive Visualisierung großer Datensätze" (SS11)
- Studienprojekt "LaVida" (WS10/SS11)
- Seminar "Algorithmen für Computerspiele" (SS10)
- Übung "Visual Computing" (WS09)
- Fachpraktikum "Graphikprogrammierung" (SS09)
Sonstiges
- IEEE VisWeek 2009: Honorable Mention für "Interactive Visualization of Molecular Surface Dynamics"
- 23.03.2011: Einladung zum jährlich stattfindenden Workshop der Fachgruppe "Visual Computing in Medicine" (invited talk)
- September 2011 - November 2011: Forschungsaufenthalt an der University of Illinois at Urbana-Champaign ("Theoretical and Computational Biophysics Group", Direktor: Prof. Klaus Schulten)
Mitarbeit bei der Entwicklung der QuickSurf-Technik in VMD (Artikel zu VMD und QuickSurf) - Mai 2012: Artikel über "Object-Space Ambient Occlusion for Molecular Dynamics" in der Zeitschrift Medizin & Technik ("Vom Computerspiel gelernt", in deutsch)
- IEEE VisWeek 2012: Teilnahme am Doctoral Colloquium
- IEEE VisWeek 2012: Gewinner des IEEE SciVis Contest 2012 (K. Scharnowski, M. Krone, P. Beck und F. Sadlo: "Visualization of Polarization Domains in Barium Titanate").
- Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine (VCBM) 2012: Best Paper Award für "Atomistic Visualization of Mesoscopic Whole-Cell Simulations"
- Präsentation eines Posters auf der VIZBI 2013 in Cambridge, MA, USA.
Bilder
Visualisierungstechniken für Proteine:
Publikationen
2013
Artikel
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: Interactive Extraction and Tracking of Biomolecular Surfaces Features.
Computer Graphics Forum 32 (3) (2013). [Noch nicht erschienen] |
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: 2012 IEEE Visualization Contest Winner: Visualization of Polarization Domains in Barium Titanate.
IEEE Computer Graphics & Applications (2013). [Noch nicht erschienen] |
Paper
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: Rendering Molecular Surfaces using Order-Independent Transparency.
In: Eurographics Symposium on Parallel Graphics and Visualization (EGPGV) 13 (2013). |
2012
Paper
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: Atomistic Visualization of Mesoscopic Whole-Cell Simulations.
In: EG Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine (VCBM), S. 123-130 (2012). |
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: Object-Space Ambient Occlusion for Molecular Dynamics.
In: Proceedings of IEEE Pacific Visualization Symposium 2012, S. 209-216 (2012). |
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: Fast Visualization of Gaussian Density Surfaces for Molecular Dynamics and Particle System Trajectories.
In: EuroVis 2012 Short Papers 1 (2012). |
2011
Artikel
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: GPU-powered tools boost molecular visualization.
Briefings in Bioinformatics 12 (6), S. 689-701 (2011). |
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: Interactive Exploration of Protein Cavities.
Computer Graphics Forum 30 (3), S. 673-682 (2011). |
Paper
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: Parallel Contour-Buildup Algorithm for the Molecular Surface.
In: Proceedings of IEEE Symposium on Biological Data Visualization (biovis'11), S. 17-22 (2011). |
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: Interactive Exploration of Polymer-Solvent Interactions.
In: International Workshop on Vision, Modeling and Visualization 16, S. 301-308 (2011). |
2010
Paper
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: Parallel Computation and Interactive Visualization of Time-varying Solvent Excluded Surfaces.
In: International Conference On Bioinformatics and Computational Biology 2010, S. 402-405 (2010). |
2009
Artikel
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: Interactive Visualization of Molecular Surface Dynamics.
IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics (Proceedings Visualization / Information Visualization 2009) 15 (6), S. 1391-1398 (2009). |
2008
Paper
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: GPU-based Visualisation of Protein Secondary Structure.
In: Proceedings of TP.CG'08, S. 115-122 (2008). |