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MolCloud - 2003-2006, VIS, Universität Stuttgart

MolCloud ist ein an der Universität Stuttgart entwickeltes Visualisierungswerkzeug zur Darstellung von punktbasierten Moleküldatensätzen.

Zum Herbst 2006 wurde die Arbeit am Nachfolge-Projekt MegaMol™ (http://www.vis.uni-stuttgart.de/megamol) begonnen. Gleichzeitig wurde die Weiterentwicklung von MolCloud gestoppt.

Downloads

Aktuelle interne Releases: 10.05.2007
Common Package common.zip (39 KB)
Microsoft Windows (32 Bit) win32.zip (441 KB)
Linux (32 Bit) lin32.zip (679 KB)
Windows Hotfix 20071008 (32 Bit) MolCloud-Hotfix-08-10-2007.rar (154 KB)

Installation: Einfach das Package für das korrekte Betriebssystem und das Common Package herunterladen und in das gleiche Verzeichnis entpacken.

Kurzanleitung

MolCloud ein Molekül-Visualisierungs-Tool.
Die Daten müssen in einem der unterstützen Dateiformaten vorliegen, welche von den Präprozessoren Mol2Preprocessor oder MolPre2.1 erzeugt werden können.
Die darzustellende Datei wird als Kommandozeilenparameter an MolCloud übergeben.
Weitere Kommandozeilenparameter steuern zusätzliche Funktionen.
Wird MolCloud ohne Parameter gestartet wird eine Hilfe ausgegeben, die die meisten Kommandozeilenparameter sowie die Tastaturkürzel des Programms auflistet.

Ein typischer Aufruf hat folgenden Syntax:

MolCloud.exe datafile.mol2.1

Wichtigstes über die Bedienung:

Mit der Maus lässt sich der umschließende Würfel der Daten drehen (linke Taste) und zoomen (dritte/mittlere Maustaste). Die größe der Molekül-Glyphen lässt sich während der Darstellung mit den Tasten "s" (vergrößern) und "x" (verkleinern) steuern. Die Ausgabe "size scale" (oben links) zeigt den Grad der Vergrößerung der Kugeln.

Am unteren Bildrand befindet sich ein Slider der Zeitachse. Der Hellblaue Strich zeigt die aktuell dargstellten Zeitpunkt an. Durck Klicken mit der Maus in den Slider, kann ein anderer Zeitpunkt ausgewählt werden. Die Zeitpunkte können als Animations abgespielt werden. Die Leertaste schaltet die Animation ein und aus. (Unter umständen bleibt die Animation kurz nach dem Start hängen. Dann einfach den Würfel etwas mit der Maus drehen.) Die Tasten "n" und "m" verringern bzw. erhöhen die Animationsgeschwindigkeit schrittweise. Die Taste "j" ändert die Abspielrichtung.

"Esc" beendet das Programm.

Wichtigste Kommandozeilenparameter:

-f Startet das Programm im Vollbildmodus.
-c Setzt die Hintergrundfarbe des Darstellungsfensters (nützlich für Screenshots für Publikationen)

Kurzanleitung MolPre2.1

MolPre2.1 ist der aktuelle Daten-Präprozessor von MolCloud und ersetzt die Funktionen von Mol2Preprocessor (welcher nur noch aus Nostalgiegründen weiter ausgeliefert wird). MolPre2.1 wird komplett über die Kommandozeile gesteuert. Wird das Programm ohne Parameter ausgeführt wird eine Hilfe-Text ausgegeben, der alle möglichen Parameter definiert. Erweiterte Online-Hilfe kann über den Parameter Help aufgerufen werden.

Ein typischer Aufruf hat folgenden Syntax:

MolPre2.1.exe a itt inputfile.vis a timeselect -s 0 -e 100 -b 10 a mol2 outputfile.mol2.0 -v0 a

Die Kommandozeile ist in drei Bereiche unterteilt: Laden, Verarbeiten und Speichern. Diese Bereiche werden durch den Guard-String voneinander getrennt. Der Guard-String ist durch den ersten Kommandozeilenparameter definiert (in diesem Fall a).

Anschließen bestimmt der erste Parameter jedes der drei Bereiche welches Modul genutzt werden soll. In dem Beispiel wird das Modul itt zum Laden der Eingangsdatei inputfile.vis benutzt, das Modul timeselect verarbeitet die Daten, und das Modul mol2 schreibt die Ergebnisse in die neue Datei outputfile.mol2.0. Die einzelnen Parameter jedes Bereichs hängen vom jeweils gewählten Modul ab.

Für jeden der drei Bereiche gibt es das null-Modul. Dieses Modul erledigt keinerlei Arbeit. Wird beispielsweise eine reihen Datenformatkonvertierung durchgeführt, kann als Verarbeitungsmodul das null-Modul eingesetzt werden, um die Daten direkt vom Lese-Modul in das Schreib-Modul zu übertragen. Ein entsprechender Aufruf hat dann folgenden Syntax (das Lade-Modul itt muss natürlich durch dasjenige ersetzt werden, welches dem entsprechenden Dateiformat entspricht):

MolPre2.1.exe a itt file.vis a null a mol2 file.mol2.1

Das Ausgabemodul mol2 erzeugt Mol2.1 oder Mol2.0 Dateien, welche dann direkt vom Visualisierungswerkzeugt MolCloud angezeigt werden können. Diese Dateiformate sind Eigenentwicklungen und haben nichts mit dem üblichen Mol2-Dateiformat gemeinsam.